Max Planck

En el grupo de Biofísica de Enfermedades Tropicales (BioTD) existen tres líneas principales de investigación:

Interacción y dinámica nano-biomolecular

Aplicamos métodos computacionales de última generación para determinar mecanismos de interacción entre nanosistemas y moléculas con biomoléculas de microorganismos causantes de enfermedades infecciosas.

Proyectos:

• Variación de las propiedades fisicoquímicas de la hemozoína cuando se forma en presencia de antipalúdicos.
• Interacción de nanopartículas y biomoléculas de Plata e implicación en los mecanismos antibacterianos.

Investigación destacada:
Atomic structure and origin of chirality of DNA-stabilized silver clusters, X Chen, M Boero, O Lopez-Acevedo, Physical Review Materials 4 (6), 065601 (2020)

Diseño de moléculas de alta afinidad y péptidos de unión

Desarrollamos métodos computacionales para el diseño racional de péptidos y moléculas de unión a una proteína diana utilizando dinámica molecular híbrida/simulaciones de Monte Carlo y potenciales basados ​​en el conocimiento.

Projects:

• Optimización y aplicación de un protocolo computacional de diseño de péptidos.
• Estudio mecánico de la formación de poros de membrana para un nuevo péptido derivado de croatolicidina como tratamiento contra Staphylococcus aureus.
• Optimización de un protocolo de diseño de péptidos para el uso de aminoácidos no naturales.

Investigación destacada: 
PARCE: Protocol for amino acid refinement through computational evolution, R Ochoa, MA Soler, A Laio, P Cossio, Computer Physics Communications 260, 107716 (2021)

Desarrollos de métodos

Desarrollamos algoritmos y códigos para aumentar la precisión y la velocidad de los métodos utilizados y, por lo tanto, el rango de los sistemas que podemos estudiar.

Projects:

• Métodos para el análisis de imágenes de microscopía electrónica (EM).
• Interconexión ab-initio y mejora de los métodos de muestreo.
• Funcionales cinéticos para la teoría funcional de la densidad libre de orbitales.

Investigación destacada: 
A Bayesian approach to extracting free-energy profiles from cryo-electron microscopy experiments J Giraldo-Barreto, S Ortiz, EH Thiede, K Palacio-Rodriguez, B Carpenter, et al Scientific Reports 11 (1), 1-15 (2021)